A ambos documentos en fases de tramitación se ponían alegaciones, es lo que ha hecho entre otros Agaden, que no comparte la ordenación prevista para la franja litoral situada entre la Isla de Tarifa y Punta Camorro, espacios reservados a la Autoridad Portuaria.
En síntesis las alegaciones concluyen en que la relación puerto-ciudad debe incluir una mayor participación de los Agentes Sociales. Entienden que no se ha evaluado concretamente las afecciones medioambientales y reclaman una mayor integración puerto-ciudad.
Por otro lado, subrayan que el estudio ambiental estratégico no ha cumplido con la amplitud y nivel de detalle exigidos por la Delegación Territorial de la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio.
Consideran que la Autoridad Portuaria no detalla cómo va a cumplir los objetivos del Plan Especial de Ordenación del Puerto de Tarifa.
Entre la solicitud formulada en los distintos escritos de alegaciones destaca la petición de desafectación del dominio público portuario de la zona de La Caleta, Verde Mar Ecologistas en Acción Campo de Gibraltar, Agaden, Greenpeace, Plataforma Ciudadana Somos Tarifa y Asociación Tarifa Si han mostrado así sus objeciones al documento en discusión.